امام جماعت مسجد طبق فرمایشات حضرت امام راحل قدس سره و امام خامنه ای مدظله العالی مدیر طبیعی مسجد است و این واقعیت در مساجد جاری است ولکن در برخی مساجد پیش می آید برخی عوامل مسجد نسبت به این حقیقت شناخت نداشته و از روی عدم اطلاع از قوانین اسلامی دچار سوء تفاهم شده که بعضاً موجب به وجود آمدن اصطکاک در مسجد می شوند.
در همین خصوص وظیفه مرکز رسیدگی به امور مساجد ورود نافذ برای رفع این سوء تفاهمات بوده و با موفقیت از عهده این مأموریت برآمده است.
مسجد حضرت علی علیه السلام یکی از مساجدی بوده که به دلیل همین ناآشنایی عوامل مسجد موجبات برخی تنش ها را در مسجد فراهم نموده بودند که با ورود شخص مدیر ناحیه ضمن بازدید از فضاهای مسجد و نشست با عوامل مسجد و مسئولین نیروی مقاومت سپاه در این خصوص روشنگری نموده و نسبت به حیطه وظیفه ای هر کدام از عوامل مسجد تذکرات لازم را ارائه نمودند.
